Je ne sais pas si c'est bien ça le problème, mais Pepakura ne gère que des tri ou des quads (faces à 3 ou 4 sommets), là, et c'est l'inconvénient de Blender depuis quelques versions, tu as des faces avec de nombreux sommets.
Pour vérifier si c'est ça, selectionnes les morceaux de ton plan, transformes en Tri (CTRL+T) , vérifie que les normales sont toutes orientées de même côté, et essaie d'importer sous pep