C'est un problème de direction de normale des faces en question... si tu ouvres ton modèle dans un logicel de modélisation et affiches les normales (normales = "perpendiculaires" à une face en son centre), tu devrais voir celles qui te posent problème orientées vers l'intérieur de la pièce au lieu de l'extérieur.
Le fait de les modifier t'obligeras à recharger le modèle 3D dans pepakura, et bien souvent une partie du redécoupage est à refaire, c'est à toi de voir, mais fait un essai d'impression d'une seule page sur laquelle tu auras mis juste une partie "à l'envers" pour économiser l'encre. tu verras ainsi si ça vaut le coup.