En fait, tout comme le .obj contient toutes les informations 3D comme les coordonnées des sommets, la composition des faces, les normales, les coordonnées UV de textures, le .mtl contient tout ce qui concerne les textures, comme le nom du fichier texture, des valeurs comme la couleur, luminosité et les reflets. Et une composante du fichier .obj pointe sur une composante du fichier .mtl.
Essaie un peu d'ouvrir un de ces fichiers avec le bloc note, tu verras comment c'est fait...
pour ta question pepakura, c'est dans settings, other settings, puis advanced la case "Join adjacent edges in 3D model when open" : littéralement "fusionner les arêtes adjacentes du modèle 3D à l'ouverture".
C'est effectivement plus ou moins comme "remove double" de Blender, mais il vaut mieux utiliser celui-ci et avoir un fichier 3D nickel avant d'importer sous pepakura, qui n'est pas un éditeur 3D rappelons le.