Alors oui, il y a un moyen sur pepakura de ne pas avoir cette multitude de petites faces, c'est de procéder au découpage manuellement à l'aide de l'outil cutter sur l'objet 3D. C'est normalement comme ça qu'on procède, ne jamais laisser le logiciel décider où placer les découpes, il n'est pas conçu pour ça.
Ensuite, il faut bien sur que le modèle 3D soit optimisé pour le papercraft. C'est un compromis entre le "low-poly" et le rendu hyper-réaliste d'images de synthèse, ce doit être cohérent avec la taille souhaitée du papercraft fini, trop de précision ferait un truc pas joli du tout.
Sur ton modèle, pour avoir autant de minuscules faces, j'ai l'impression que ce n'est pas le cas.
Donc suggestion, réduire le nombre de faces dans un logiciel 3D, supprimer les arêtes ouvertes au maximum (arêtes en rouge dans pepakura) sauf si pas le choix.