Si j'ai biens compris la question portais plutôt sur les languette que sur les plis interne des pièces. Personnellement je marque les plis de languette à chaque fois, ça me permet de positionner correctement mes pièce, étant donner que je colorie entièrement les languette avec pepakura et que j'efface toute les ligne.
Mais pourquoi pas, je pense que ça dépend vraiment de la pièce. Si ce sont deux face qui sont relativement dans la même position je pense qui est possible de ne pas marquer les plis des languette, ça rendrais peux être l'arrête entre les deux pièces moins pointu. Par contre si tes pièces ne sont pas du tous sur le même plan , le marquage des plis des languette est indispensable.